Le canal entre la Crète et Santorin représente environ 120 kilomètres de mer Égée ouverte, et pendant la majeure partie de l'histoire, ce fossé était une barrière plutôt qu'un itinéraire. Aujourd'hui, une excursion d'une journée de la Crète à Santorin permet de le parcourir en une matinée de navigation. Les deux îles sont liées géologiquement : lorsque l'éruption minoenne a détruit le centre de l'ancienne Théra vers 1600 avant notre ère, ses cendres sont retombées sur l'est de la Crète et son tsunami a frappé la côte nord crétoise. Les archéologues d'Akrotiri, la ville de l'âge du bronze enfouie sur la côte sud de Santorin, trouvent encore des poteries aux affinités minoennes évidentes. Ce qui reste de cette catastrophe est la caldeira elle-même — un bassin inondé d'environ 12 kilomètres de large, ceinturé par des falaises qui tombent à 300 mètres dans l'eau. Fira, Firostefani, Imerovigli et Oia se dressent le long du rebord comme une ligne de craie. Au centre flottent Nea Kameni et Palea Kameni, des cônes volcaniques qui ont émergé des fonds marins au cours des deux derniers millénaires et qui continuent, discrètement, de croître. Le site du volcan est géré séparément de la caldeira ouverte, c'est pourquoi le rebord lui-même ne comporte aucun droit d'entrée : 0 EUR pour la zone de la caldeira, avec une taxe municipale de 5 EUR appliquée au volcan. L'importance moderne de Santorin repose sur cette géologie plutôt que sur un monument unique. Les falaises exposent de la pierre ponce stratifiée et des téphras que les vulcanologues interprètent comme une chronologie des éruptions. La même roche poreuse a produit les vignobles d'assyrtiko de l'île, plantés bas en bobines de panier contre le vent du meltemi, et la terre de Théra pouzzolanique était autrefois expédiée à l'étranger pour fabriquer du ciment hydraulique — y compris, selon des récits souvent répétés, pour les travaux du canal de Suez. L'architecture répond au terrain. Les maisons troglodytes (Skaftá) étaient creusées dans la paroi douce de la falaise, voûtées en berceau, blanchies à la chaux pour refléter la chaleur, leurs citernes récupérant le peu de pluie qui arrive. Les dômes bleus, désormais l'image emblématique de l'île, appartiennent principalement aux chapelles orthodoxes dispersées le long du rebord en nombre qu'aucun recensement n'a jamais établi. Les passagers des navires de croisière et les visiteurs de l'excursion d'une journée de la Crète à Santorin arrivent à Athinios ou dans la rade de Fira et grimpent dans un schéma de peuplement façonné entièrement par le vent, la rareté de l'eau et la vulcanologie. Une excursion guidée d'une journée de la Crète à Santorin se lit donc autant comme une leçon de pierre que de paysage — et le statut de Santorin parmi les monuments des Cyclades en découle directement.